El Ministerio de Agricultura y Ganadería es el organismo ejecutor del PROMSA. Para cumplir esta función se estructuró la Unidad de Implementación del Programa (UIP).
La Unidad de Implementación del Programa a más de ejercer y coordinar las actividades del PROMSA, desde el año 2001 asumió las funciones de control y supervisión de las actividades administrativas y financieras de los proyectos de investigación y alianzas estratégicas del componente de Generación de Tecnología.
La UIP en su estructura tiene un Consejo Directivo y una Dirección Ejecutiva que tiene como función principal dirigir las actividades y coordinar tanto interna, con las dependencias del MAG, como externamente con las entidades y organismos no gubernamentales participantes, así como administrar el Programa siguiendo los acuerdos establecidos en los Convenios de Préstamo.
La Dirección Ejecutiva tiene como apoyo un grupo de profesionales especialistas en las áreas que se indican en el organigrama del PROMSA.
